1. Nature (2025): Leveraging a phased pangenome for haplotype design of hybrid potato
- 内容：构建了 31 个二倍体马铃薯（含 10 个野生种、19 个栽培种、2 个自交系）的 60 个单倍型的 phased pangenome graph
- 亮点：
- 用 PGGB 和 Minigraph-Cactus 构建了马铃薯图泛基因组
- 系统揭示了 SV 在进化和驯化中的起源与命运
- 设计了“理想马铃薯单倍型 (IPHs)”用于杂交育种
- 意义：为无性繁殖作物的基因组设计育种奠定理论基础
2. Nature (2025): A pangenome reference of wild and cultivated rice
- 内容：构建了 145 个染色体水平的水稻泛基因组（16 个栽培稻 + 129 个野生稻 O. rufipogon）
- 亮点：
- 支持“单次驯化起源”假说：所有亚洲栽培稻均源自 Or-IIIa（粳稻祖先）
- 精细解析了栽培稻与野生稻之间的基因流
- 挖掘了大量抗病/抗逆基因资源
- 意义：为水稻育种提供全面的野生种质遗传变异资源
3. Nature Genetics (2025): Super pangenome of Vitis empowers identification of downy mildew resistance genes for grapevine improvement
- 内容：构建了葡萄属（Vitis）的超级泛基因组
- 亮点：
- 覆盖整个葡萄属的综合基因组信息
- 成功挖掘了霜霉病（downy mildew）抗性基因
- 意义：为葡萄抗病育种提供直接靶点
4. Nature (2025): Pan-genome bridges wheat structural variations with habitat and breeding
- 内容：小麦泛基因组与 SV、生境、育种的关联研究
- 亮点：
- 揭示了小麦结构变异与生境适应及育种性状的关联
- 以 VRN-A1 基因为例展示了转录水平在冬性品种中的变化
- 引用：已被引 110 次，是近期小麦泛基因组领域的高影响力工作
5. 其他重要论文
- Nature (2025): The phased pan-genome of tetraploid European potato（四倍体欧洲马铃薯 phased 泛基因组）
- Nature Plants (2025): Pan-genome analysis provides insights into legume evolution and breeding（豆科泛基因组与进化育种）
- Nature Genetics (2025): Pan-genome analysis reveals the evolution and diversity of Malus（苹果属泛基因组进化与多样性）
- Trends Microbiol (Cell, 2025): On the biological meaning of the population pangenome（群体泛基因组的生物学意义综述）
- Nature Reviews (2025): The role of pangenomics in orphan crop improvement（泛基因组在孤儿作物改良中的作用综述）
总体趋势：2024-2026 年 pangenome 领域的主流是 phased 图泛基因组 + 从种质资源到育种应用的闭环，重点作物包括马铃薯、水稻、小麦、葡萄、苹果、豆科等，核心方向是挖掘 SV、单倍型设计、野生种质利用。