1. Nature (2025): Leveraging a phased pangenome for haplotype design of hybrid potato
- 内容: 31個の二倍体ジャガイモ（野生種10個、栽培種19個、自殖系2個）の60個のハプロタイプからなるフェーズドパンゲノムグラフを構築
- ハイライト:
- PGGBとMinigraph-Cactusを用いてジャガイモのグラフパンゲノムを構築
- SVの進化と驯化における起源と運命を系統的に解明
- 雑種育種のための「理想的なジャガイモハプロタイプ（IPHs）」を設計
- 意義: 無性繁殖作物のゲノム設計育種の理論的基礎を築いた
2. Nature (2025): A pangenome reference of wild and cultivated rice
- 内容: 145個の染色体レベルのイネパンゲノム（栽培イネ16個 + 野生イネO. rufipogon 129個）を構築
- ハイライト:
- 「単回驯化起源」仮説を支持：すべてのアジア栽培イネはOr-IIIa（ジャポニカの祖先）に由来
- 栽培イネと野生イネの間の遺伝子流動を精緻に解析
- 多数の耐病・耐ストレス遺伝子資源を発掘
- 意義: イネ育種に包括的な野生種質の遺伝的変異資源を提供
3. Nature Genetics (2025): Super pangenome of Vitis empowers identification of downy mildew resistance genes for grapevine improvement
- 内容: ブドウ属（Vitis）のスーパーパンゲノムを構築
- ハイライト:
- ブドウ属全体をカバーする包括的なゲノム情報
- べと病（downy mildew）耐性遺伝子の発掘に成功
- 意義: ブドウの耐病育種に直接的なターゲットを提供
4. Nature (2025): Pan-genome bridges wheat structural variations with habitat and breeding
- 内容: コムギパンゲノムとSV、生息環境、育種の関連研究
- ハイライト:
- コムギの構造変異と生息環境適応および育種形質の関連を解明
- VRN-A1遺伝子を例に、冬性品種における転写レベルの変化を示した
- 引用: 被引用数110回、近年のコムギパンゲノム分野で影響力の高い研究
5. その他の重要な論文
- Nature (2025): The phased pan-genome of tetraploid European potato（四倍体ヨーロッパジャガイモのフェーズドパンゲノム）
- Nature Plants (2025): Pan-genome analysis provides insights into legume evolution and breeding（マメ科パンゲノムと進化育種）
- Nature Genetics (2025): Pan-genome analysis reveals the evolution and diversity of Malus（リンゴ属パンゲノムの進化と多様性）
- Trends Microbiol (Cell, 2025): On the biological meaning of the population pangenome（集団パンゲノムの生物学的意義に関する総説）
- Nature Reviews (2025): The role of pangenomics in orphan crop improvement（マイナー作物の改良におけるパンゲノミクスの役割に関する総説）
全体的なトレンド: 2024-2026年のパンゲノム分野の主流は フェーズドグラフパンゲノム + 種質資源から育種応用までのクローズドループ で、重点作物はジャガイモ、イネ、コムギ、ブドウ、リンゴ、マメ科など、コアな方向性はSVの発掘、ハプロタイプ設計、野生種質の利用である。